本校童軍旅團(港島第九十九旅)於 1965 年成立,至今已有五十多年歷史。本旅現擁有五個童軍支部,共七團,包括樂行童軍 Rover Scout、深資童軍 Venture Scout、童軍 Scout、幼童軍 A團, B團Cub Scout Pack A & Pack B、小童軍 A團, B團Grasshopper Scout Ring A & Ring B。
小童軍團和幼童軍團的團集會於星期六在小學部進行,小童軍招收本校小學一、二年級的男生;幼童軍團招收本校小學三至六年級的男生。六年級的幼童軍成員升讀本校中學部後,繼續參與九十九旅童軍活動,成為童軍團成員。中學畢業後,他們成為校友,他們的童軍生涯仍可於本旅的深資童軍團及樂行童軍團延續下去,甚或成為九十九旅的童軍領袖,薪火相傳,把童軍情誼繼續傳承下去。